Am 27. November 1894 wurde die von Ludwig Zatzka erbaute Kirche dem heiligen Antonius von Padua geweiht. Sie war Bestandteil des St. Antonius Armen- und Krankenasyls. Die Barmherzigen Schwestern führten das Asyl. Es umfasste neben den heute noch bestehenden Gebäuden, der Pfarrkirche und dem Pfarrhaus, einen Gebäudekomplex samt Gartenanlagen. Der Komplex reichte im Norden bis zur Hütteldorfer Straße im Osten bis zur Tannengasse und im Westen bis zur Pouthongasse. Sowohl Asyl als auch Gartenanlagen existieren heute nicht mehr.

Im Jahr 1904 wurde der Kirchenbau erweitert. Seither hat die Kirche ihre heute noch bestehenden zwei Glockentürme. Sie verlor aber damit ihr äußeres Erscheinungsbild einer Klosterkirche. 

Am 1. September 1939 wurde aus dem bestehenden Pfarrgebiet der Pfarre „Neufünfhaus“ ein eigenes Pfarrgebiet herausgeschnitten. Dieses wurde der Antoniuskirche zugeordnet. Durch diese Maßnahme konnte Theodor Kardinal Innitzer einen weiteren Priester zum Pfarrer einer Pfarre ernennen. Dies schützte ihn vor dem Zugriff durch die deutsche Wehrmacht. Seither war das Pfarrgebiet durch folgende Straßenzüge begrenzt: Schweglerstraße, Hütteldorfer Straße, Beingasse, Felberstraße.